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虽然人类基因图的公布将为医学界带来许多好处，但在许多其他人眼中，它所衍生的道德问题也会愈来愈多。
忧虑之一
利用基因工程设计后代
"国际知识无能科学研究会"副主席里乌博士对这场基因革命对社会可能带来的冲击深感忧心，他呼吁各国政府尽快拟出对策，控制社会受冲击的程度。
不出几年，人类就有可能在产前检查时同时检查上百个基因，来决定自己要不要这个小孩，甚至连某些涉及行为特征，如暴力或自杀的倾向的基因，也在筛选之列。一些人担心，一些有钱人将会请人利用基因工程来帮他设计小孩，或者是消除有别于常人的性格特征，如同性恋倾向等。里乌因此预言，未来律师会因要处理层出不穷的非法生子、非法怀孕的官司，而忙得不可开交。
忧虑之二
改变了"隐私"的内涵
再者，人体基因专利权的归属以及雇主或保险公司是否有权调阅个人的基因资料，都是尚待解决的棘手问题。未来企业老板或保险公司根据基因检测结果而对员工或客户作出差别性待遇，也会是一大问题。基于利益的考虑，公司可能以某人具有某种基因缺陷而不予雇用。
基因检测还会影响我们的价值观，例如对不同意见的包容方面。如果父母可以在孩子出生前就先检测胚胎的各种基因，那么由谁来决定哪种小孩该拿掉呢？哪种小孩可以生，哪种小孩不能生，社会该如何划定规则呢？对于有先天性疾病的人，又代表什么意义呢？
忧虑之三
诱发研制"不死人"竞赛
另外，科学家预言凭借破译全盘基因密码，人类将可活上1200岁。但科学界同时警告，这样对整个社会架构将带来严重冲击，"长命千岁"并不一定是好事。
英国人类基因委员会成员哈里斯指出，科学家过去以为衰老过程是由人体的生物钟所预设，但根据基因研究显示，人类衰老主要是由于人体的"保养"及"修补"系统有所缺陷，而这些系统最终也由基因控制，因此通过改造或"关闭"某些基因，即可控制人类的衰老过程。
哈里斯称，如果继续研究，理论上令人类的平均寿命达到1200岁并非难事。而现阶段最大得益的将是西方的富裕国家，因为其国民更有能力支付基因工程昂贵的医疗费用。
但哈里斯警告，基因改造在未来有可能诱发一场研制"不死人"的竞赛，导致居住、就业、福利等社会问题。他说："未来的儿童将要跟以前的很多代人一同竞争就业、空间以至任何事物。"
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